專門管理應是國家、各省、地市食品藥品監督管理局及企業所在地的工商部門。
企業所在地的工商、稅務、藥檢甚至環保、消防針對醫藥企業的某壹方面也有專門的管理職能。
另外直接國家食品藥品監督管理局（國家局+地方局）也是直接管理管理醫藥企業的