公司卷煙企業有紅塔集團、紅雲紅河集團，其他直屬單位有興運公司、雲南中煙物資集團、雲南煙草研究院、培訓中心等。到2009年初，整個系統擁有超過30，000名員工。雲南中煙工業公司是根據國家煙草專賣局管理體制改革於2004年正式成立的。公司下設紅塔集團、鴻運集團、紅河集團、物資集團、國際公司等子公司。雲南中煙工業公司受中國煙草總公司委托，對雲南煙草工業系統國有資產行使出資人權利，管理國有資產，承擔保值增值責任。