已經取得排汙許可證的排汙單位可登錄國家排汙許可申請子系統，在業務辦理板塊選擇“許可證變更”模塊，申請變更排汙許可證。
排汙單位點擊進入“許可證變更”模塊，點擊頁面中的“我要變更”按鈕，即可填寫排汙許可證變更申請。排汙單位申請變更時，需先填寫變更類型和變更內容/事由。前壹次排汙許可證申請信息自動帶入，排汙單位可在原有信息基礎上填寫或修改變更內容。排汙單位填寫完所有信息後，點擊“提交”按鈕，即完成排汙許可證變更申報。系統會對變更內容進行標識，綠色文字為排汙單位變更過程中新增內容，紅色文字為排汙單位變更過程中修改內容。