稽查總隊內設20個職能處室，分別是辦公室（黨委辦公室），調查壹處至調查十五處，內審壹處，內審二處，調查技術壹處至三處、紀檢（監察）室。辦公室（黨委辦公室）負責總隊行政事務和黨務管理工作；調查壹處至調查十五處負責承辦證券期貨市場內幕交易、市場操縱、虛假陳述、欺詐發行等重大、緊急、敏感類及跨區域案件調查，十五個調查處分別由五個調查大隊負責協調；內審壹、二處交叉分工，負責總隊各調查處提交的調查終結案件的內審復核工作；調查技術壹處至三處負責案件調查電子取證、數據分析、信息協查、案件管理、稽查辦案系統開發等相關工作；紀檢（監察）室負責總隊廉政建設與紀檢監察工作。