稽查總隊內設20個職能處室,分別是辦公室(黨委辦公室),調查壹處至調查十五處,內審壹處,內審二處,調查技術壹處至三處、紀檢(監察)室。辦公室(黨委辦公室)負責總隊行政事務和黨務管理工作;調查壹處至調查十五處負責承辦證券期貨市場內幕交易、市場操縱、虛假陳述、欺詐發行等重大、緊急、敏感類及跨區域案件調查,十五個調查處分別由五個調查大隊負責協調;內審壹、二處交叉分工,負責總隊各調查處提交的調查終結案件的內審復核工作;調查技術壹處至三處負責案件調查電子取證、數據分析、信息協查、案件管理、稽查辦案系統開發等相關工作;紀檢(監察)室負責總隊廉政建設與紀檢監察工作。