中孚計算機終端保密檢查系統主要通過檢查終端設備上的安全設置、安裝的應用程序、訪問的網站等來確保信息安全，不會直接查看微信消息。終端保密檢查的主要目的是確保信息安全和防止數據泄露，而非針對個人隱私進行監控。但是，在終端設備上發現了存在安全隱患的應用程序或潛在的數據泄露風險，會采取相應的措施，如禁止或限制某些應用程序的使用。