我國現行的地理標誌法律保護體系，存在三個管理部門，商標局、國家質量監督檢驗檢疫總局、農業部三個獨立部門對地理標誌都可依法行使審批權和管理權：
1、國家工商行政管理總局及商標局作為主管部門的地理標誌證明商標；
2、國家質量監督檢驗檢疫總局主管的地理標誌產品體系；
3、由農業部主管的農產品地理標誌體系；