電子會計檔案備份制度可以在自然災害發生時保護會計檔案的完整性和可用性。通過將檔案信息復制到備份系統或離線存儲介質中，可以防止地震、水災等災害對原始數據的破壞等。電子會計檔案備份制度是保護會計信息的重要措施，有助於維護會計數據的完整性和可用性。