申請人應準備證明文件，按照《特殊醫學用途配方食品註冊申請材料項目和要求(試行)》的規定準備申請材料，每頁蓋章或縫制，每份申請材料掃描成PDF文件。
根據系統提示，系統填寫完所有項目後，即可下載打印申請表，將打印好的申請表密封掃描後，與其他電子材料壹起以光盤形式提交。打印的申請表右上方有條形識別碼，用於國家市場監督管理總局行政事項受理服務與投訴舉報中心(受理中心)接收材料時識別。不接受沒有條形標識碼的材料。