藥品監督管理部門在監督檢查中的職權是:
1.進入現場進行檢查和取樣。
2.查閱、復制、查封、扣押有關合同、票據、賬冊及其他有關資料。
3.查封、扣押不符合法定要求的醫療器械、非法使用的零部件和原料、用於非法生產醫療器械的工具和設備。
法律客觀性:
《藥品管理法》第99條
藥品監督管理部門應當依照法律、法規的規定，對藥品研制、生產、銷售和藥品使用者使用藥品的情況進行監督檢查。必要時，可以對為藥品研制、生產、銷售、使用提供產品或者服務的單位和個人進行延伸檢查，有關單位和個人應當予以配合，不得拒絕或者隱瞞。
藥品監督管理部門應當對高風險藥品進行重點監督檢查。
有證據表明可能存在安全隱患的，藥品監督管理部門應當根據監督檢查情況，采取警示、約談、限期整改、暫停生產、銷售、使用和進口等措施，並及時公布檢查和處理結果。
藥品監督管理部門進行監督檢查時，應當出示證明文件，並對監督檢查中知悉的商業秘密予以保密。