至於是否懲罰，有兩種情況:
壹個是沒有處罰。比如上面說的“海關備案”，是辦理某些海關業務的前提條件。比如，對於進出口貨物的壹般收發貨人(不是俗稱“報關銀行”的專業化報關企業)，如果報關單位沒有註冊，是無法以自己的名義辦理進出口報關的。但如果不辦理，後果就是不能辦理某些海關業務，不存在處罰的問題。比如不申報減免稅，就享受不到相應的減免稅，不存在處罰的問題。
其他是法律、行政法規和規章規定需要處罰的行為。比如《海關行政處罰實施條例》規定，未經海關登記擅自從事報關業務的，予以取締，沒收違法所得，最高可處65438萬元罰款。