用途不同:核註單是金冠二期加工貿易和保稅系統專用單證，金冠二期所有保稅賬冊為唯壹單證。報關單用於處理相關稅收和貿易統計。
商品信息不同:核對表反映的是企業的實際商品信息，而報關單反映的是用於通關的物品級商品信息，物品級數據合並匯總。