會計信息系統中設計對系統進行有效控制的設置是：不斷完善和發展會計信息系統、對會計信息系統的操作嚴格管理、提升會計信息系統的安全指數。
1、不斷完善和發展會計信息系統。
會計部門是企業中的核心部門之壹，會計工作是保證企業活動順利開展，企業收支保持平衡的重要環節之壹。而在會計工作中，對會計信息系統的內部控制又是十分重要的。
2、對會計信息系統的操作嚴格管理。
首先，企業要對會計部門中負責不同工作環節的員工以不同的操作權限，系統有精確的識別系統，員工只可以對自己有權限的部分進行操作，不可以接觸自己沒有權限的部分。
3、提升會計信息系統的安全指數。
首先，會計信息系統要有壹套完整的 身份認證體系，用身份認證體系約束操作人員的行為，壹旦出現問題，保證系統對操作人員的操作痕跡有記錄，及時追溯相關人員責任。