由於管理信息系統的功能、目標、特點和服務對象不同，從層次上可以分為業務信息系統、管理信息系統和決策支持系統。
從系統的功能和服務對象，可分為國家經濟信息系統、企業管理信息系統、事務型管理信息系統、行政機關辦公型管理信息系統和專業型管理信息系統等。