牡丹江大學有九個學院，分別是外語學院，經貿與管理學院，動畫學院，醫護學院，信息與電氣工程學院，財會與金融學院，建築工程學院，傳媒與藝術學院，智能制造學院。
牡丹江大學學院設置齊全，可以為學生提供多元選學空間。近年來，學校深入推進產教融合，緊緊圍繞產業群建設專業群，堅持“課堂小企業，理實交融；企業大課堂，德技兼修”的教育理念，創新並實踐“校企融合、項目帶動、雙輪職訓”的高職人才培養模式，著力培養市場短缺、企業需要的高技能人才。