1.航空航天工程:該專業是南航的特色專業，屬於壹流本科專業，在教學科研和人才培養方面享有較高聲譽。
2.電子信息工程:本專業強調電子、通信、計算機技術的交叉應用，旨在培養高素質的電子信息人才。
3.自動化:本專業重點培養自動化領域的專業人才，包括工業自動化控制、智能儀表和系統設計。
南京航空航天大學的專業排名壹直處於國內同類高校的前列。以QS世界大學排名2021為例，其中機械、航空、制造、工程等相關學科均位列世界前150。同時，在國家“雙壹流”建設中，南航的航空航天工程、交通工程、材料科學與工程、控制科學與工程等專業被列入計劃。