邳州經濟開發區內企業有35.7%分布在批發業，14.3%分布在零售業。其中，註冊資本超千萬的企業有邳州市中醫院、江蘇匯榮達生物工程有限公司、江蘇睿禾源生物科技有限公司、江蘇聚資利建材有限公司、江蘇鑫納隆房地產經紀有限公司等。
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