法律分析：企業在互聯網上申請辦理海關註冊、變更、註銷業務，可以有以下幾種方式：
1：通過中國國際貿易“單壹窗口”標準版我要辦事選擇地區帳號註冊或登錄企業資質海關通用資質。
2：“互聯網+海關”企業管理和稽查進出口貨物收發貨人註冊登記。
3：未取得《營業執照》的企業，可通過市場監督管理部門“多證合壹”渠道申請海關註冊登記。
法律依據：《中華人民***和國海關法》第十壹條 進出口貨物收發貨人、報關企業辦理報關手續，應當依法向海關備案。
《中華人民***和國海關報關單位註冊登記管理規定》
第五條 報關企業應當經所在地直屬海關或者其授權的隸屬海關辦理註冊登記許可後，方能辦理報關業務。
第十五條 報關企業在取得註冊登記許可的直屬海關關區外從事報關服務的，應當依法設立分支機構，並且向分支機構所在地海關備案。
報關企業在取得註冊登記許可的直屬海關關區內從事報關服務的，可以設立分支機構，並且向分支機構所在地海關備案。