知識產權代理公司的控股公司或法人股東關聯的公司可以正常註冊商標嗎？

這個是不受影響的，商標法屬於民法法部門，而民法的原則是法律只要沒有禁止的行為，就是可以的。既然商標法只對商標代理公司註冊自己的商標進行了限制，規定不得註冊除了自身需要的服務類別外的其他類別，但是對跟知識產權代理公司有關聯的商標代理公司的控股公司或商標代理公司的同壹法人股東關聯的公司的註冊行為並沒有進行限制，那麽就是可以註冊的。