昌吉回族自治州曾是古代“絲綢之路”新北道通往中亞、歐洲的必經之路，自古為西域咽喉、北疆屏障，是新疆絲綢之路經濟帶核心區的重要組成部分。
北疆鐵路、312國道、216國道、115省道、吐烏大高等級公路貫穿全境，同時，昌吉州還是中小企業知識產權戰略推進工程試點城市。