中科大實行的是獨特的“全院辦校，所系結合”的辦校方針，依托中國科學院的各個研究所，促進了教學與科研的壹體化。壹方面，中科大註重基礎課教學，重視培養學生紮實的數理基礎，自建校始壹度實行五年制本科學制（2003年改為四年制）。