所徽 中國科學院上海藥物研究所標識如右圖所示：
釋義：1.標識以象征生命的綠色為基礎，以藥物研究所化學、生物學兩大學科以及實驗技術為要素，以中國書法的用筆為表現形態，主要含義：
2.構圖兩側呈環形運動狀，象征在藥物研究領域化學與生物學的不斷發展與融合。
3.環形兩葉互補，疊化出燒杯形狀，並在中央形成水滴狀，代表了實驗技術，寓意藥物研究有效成分的發現與研究。
4.用中國書法的流暢與動感構成圖案，象征中國傳統中藥與現代科學技術的結合以及提高中國自主知識產權的創新藥物研究的信心與能力。
5.以抽象的構圖，賦予標識豐富的內涵與想象，與藥物所悠久的歷史相呼應，且簡潔而富有時代感，具有較強的個性。