1990年代中期，雜交水稻和常規水稻的研究環境逐漸不同。常規水稻研究被列為應用研究後，項目研究經費申請困難。而且常規水稻在生產和推廣中得不到合理的收益，知識產權也不能為其科研成果提供有效的保護。雖然常規稻的研究水平遠高於雜交水稻，研發速度也遠快於雜交水稻，但農民因為能留種，不願意把常規稻新品種投放市場。