1、保護對象不同，軟件著作權保護的是開發者獨立開發，並已固定在某種有形物體上的軟件，而專利權保護對象為發明、實用新型和外觀設計；
2、產生條件不同，軟件著作權自軟件完成時自動產生，而專利權需經依法申請後獲得。
法律依據
根據2021年6月1日生效的《中華人民***和國著作權法》第二條
本條例所稱計算機軟件（以下簡稱軟件），是指計算機程序及其有關文檔。
第四條
受本條例保護的軟件必須由開發者獨立開發，並已固定在某種有形物體上。
第五條
中國公民、法人或者其他組織對其所開發的軟件，不論是否發表，依照本條例享有著作權。
2021年6月1日生效的《中華人民***和國專利法》第二條
本法所稱的發明創造是指發明、實用新型和外觀設計。
第二十二條
授予專利權的發明和實用新型，應當具備新穎性、創造性和實用性。