1.實質性相同是此類案件判斷侵權的重要標準和通行的做法，但是實質性相同同樣需要解決判斷臨界點問題，即如果達到某種標準則構成侵權，否則不能構成侵權，北京市海澱區人民法院曾經利用鑒定機構報告認定的20％相同的比例認定侵權，實踐中這壹界限是模糊不清的，需要法官依據具體的情況作出判斷。
2.實踐中，鑒定機構對於送檢的兩套源代碼的對比，大多是通過檢測軟件來完成的，檢測軟件運行的原理是首先不考慮程序的內部結構的情況下，選取特定的代碼長度為度量單位並對所有的度量單位進行索引排序，索引後判斷兩組代碼相同的比例。
二、 源代碼侵權屬於知識產權訴訟內的著作權訴訟案件。
源代碼侵權屬於知識產權訴訟內的著作權訴訟案件，因為，根據《中華人民***和國著作權法》第三條 計算機軟件屬於著作《著作權法》內保護的“作品”而源代碼屬於計算機軟件制作的基礎，所以，毫無疑問源代碼侵權屬於著作權侵權行為。