不可以。只有再認證的時候才能更換認證機構。
ISO9001初次認證後，壹般3年內不需要更換認證機構，因為第壹年是初次認證，第二年和第三年是年度監督檢查，到第四年的時候是再認證。
初次認證或者再認證更換認證機構的流程如下：
企業將填寫好的《ISO9001認證申請表》連同認證要求中有關材料（包括內審、管評等文件）報給認證機構。認證機構進行初審，符合要求發放《受理通知書》，企業根據《受理通知書》與認證機構簽訂合同。
認證機構收到企業的全額認證費後，向企業發出組成現場審核的通知，並在現場審核壹周前將審核計劃正式報企業確認。
現場審核按ISO9001標準的要求進行，審核前通知企業審核的日期和時間，審核老師和公司領導層召開首次會議和末次會議。
審核組根據企業申請材料、現場檢查情況、撰寫審核報告，提交委員會審查。
認證中心收到技術委員會審查意見後，匯總審查意見。
認證中心總經理批準後，認證中心向企業頒發ISO9001質量管理體系認證證書，並進行公示。