總的來說，南京工程學院更好，綜合實力更強。南京理工大學位於江蘇省南京市，是由國家國防科學技術工業局、住房和城鄉建設部、江蘇省人民政府批準設立的高校。入選高校創新能力提升計劃、高校學科創新引智計劃、國家建設高水平大學研究生工程、國家“特色重點學科工程”、國家大學生創新創業培養計劃、國家新型工程研究與實踐項目、國家知識產權培訓(江蘇)基地。是江蘇省高水平大學建設重點支持高校、江蘇省重點建設高校、江蘇省綜合評價和招生改革試點高校、江蘇省人才強校試點高校、首批全國深化創新創業教育改革示範高校、全國高校實踐教育創新創業基地、 首批來華留學質量認證高校、孔子學院獎學金接收機構、“卓越工程師教育培養計劃”試點高校、專業學位研究生教育綜合改革試點高校。