2004年1月劃歸官渡區教育局管理後，當時還叫“昆明東鐵路中心小學”的東站實驗學校更名為“官渡區東站小學”。因校舍建設年代早，辦學條件受限，官渡區委、區政府高度重視，於2015年9月在原址推動實施“官六中、東站小學改擴建工程”。2016年6月，經區政府辦公會研究決定“東站小學”正式更名為“昆明市官渡區東站實驗學校”。
新建成的東站實驗學校占地面積30062平方米，建築面積達29694平方米，現有48個教學班以及包括1名省級學科帶頭人、3名市級學科帶頭人、14名區級學科帶頭人在內的教職工153人。學校先後被評為“全國校園足球特色學校”“全國青少年五好小公民示範學校”“雲南省文明學校”“雲南省綠色學校”“雲南省教科研實驗學校”“雲南省體育特色學校”“雲南省知識產權教育試點學校”“昆明市文明單位”“昆明市現代教育示範學校”“昆明市平安校園”“昆明市知識產權教育示範學校”，還連續多年被評為“官渡區教育工作先進集體”“優秀基層黨組織”，成立了官渡區名師工作室。