材料通過審查，發明人前往某大學專利中心或代理機構專利中心進行專利申請，繳存費用。
專利代理人與發明人聯系，商討確定要求保護的技術範圍、修改專利申請文件並定稿;代理機構向國防專利局遞交專利申請並取得專利申請號。
專利授權後，代理機構通知發明人領取受理通知書、授權書和證書原件。由於國防專利需要保密，然而保密並不意味著所有人都不知道，保密是限於壹定範圍，只限壹定人知悉。國防專利機構會出版《國防專利內部通報》，這屬於國家秘密文件，其知悉範圍由國防專利機構確定。
發明人將專利證書原件上交先進技術研究院，由先進技術研究院上報學校統壹存檔，專利申請費及授權當年的年費由科發院或企業與代理機構結算。