1.高校存在“重申報輕建設”的現象。申請成功後普遍投入和關註度不足，精品課程網站內容基本都是申請時的內容。隨著時間的推移，網站部分教學內容陳舊老化，教學理念未能與時俱進，原有不足部分未能及時補充，部分精品課程質量相對下降，已不再是現在意義上的精品課程，點擊率低，幾乎無人問津。
2.資源享用的問題還沒有完全解決。教育部連續三年發文，要求登錄精品課程網站要註銷密碼和密碼。但仍有精品課程無法自由獲取。此外，由於精品課程的建設單位擔心知識產權和版權的問題，當申請成功後，壹些原創或精彩的電子資料立即被刪除，導致進入名義上的精品課程網站後無法訪問到真正有價值的內容。
3.申請審核不夠嚴格，存在弄虛作假現象。