截至2020年6月，海門區下轄3個街道、9個鎮：海門街道、濱江街道、三廠街道、三星鎮、臨江鎮、海永鎮、包場鎮、常樂鎮、悅來鎮、余東鎮、四甲鎮、正余鎮，***63個居委會，230個村委會。
海門區境內地勢平坦，溝河縱橫，地表平均海拔4.96米。地勢呈西北略高、東南偏低，西部最高處海拔5.2米，東部最低處海拔2.5米，南北橫截面呈孤形，兩頭低、中間高。
海門區屬北亞熱帶季風氣候區，四季分明，雨水充沛，光照較足，無霜期長。海門區境內河溝縱橫，成網絡狀分布。東西走向主要有通呂運河海門段、通啟運河海門段，南北走向主要有新江海河海門段。