我國作為目前世界上僅有的三個（美、俄、中）掌握返回式衛星技術的國家之壹，在航天育種領域取得的壹系列開創性研究成果，受到世界著名的《自然》和《科學》雜誌的關註報道。為了加快我國航天育種誘變機理及相關技術的研究，推動航天育種事業的持續發展，2003年4月，經國務院批準，國家發改委、財政部、國防科工委批復了農業部、中國航天科技集團聯合編制的航天育種工程項目可行性研究報告，航天育種工程項目正式啟動。
實施航天育種工程有利於在廣泛開展育種實踐的同時，充分加強航天育種應用基礎理論的探索和研究，使育種實踐和理論基礎很好地統壹起來，促進航天育種學的建立與發展。通過航天育種機理研究的原始創新和科學積累，可獲得壹大批突破性的農業新品種和具有我國自主知識產權的航天育種技術。這對於繼續保持我國在該領域的國際先進性、創造性及航天育種產品開發方面的世界領先地位，推動航天育種高新技術產業發展具有極其重要的意義。