合肥高新技術產業開發區人民法院因應開發區發展需要而產生，由合肥中院原經濟審判三庭發展而來，1995年3月經最高院批準設立，1997年1月正式掛牌辦案。2013年底，合肥市編辦下文，明確法院機構性質為合肥中院的派出機構，行使基層人民法院職權。法院地域管轄包括合肥高新區和經開區，在案件管轄方面，除了行使基層人民法院管轄的壹般案件職權外，還管轄除蕪湖市以外安徽省其他地區相應的涉外民商事案件以及合肥市範圍內爭議標的額50萬元以下的知識產權民事案件。2011年成為安徽省首家試行知識產權民事、刑事和行政案件三審合壹的法院。