基金的運作費是在基金的管理過程中產生的，主要包括基金管理費、托管費、銷售服務費、指數授權費。運作費通常有兩種扣除方式：壹種是從基金資產的凈值中逐日扣除，這種情況下投資者就無需在每次的交易中另行支付；二是不計提，在這種情況下基金的凈值在每個交易日中就沒有扣除運作費，這部分費用由投資者在每筆交易中另行支付。
在以上4種運作費中，基金的管理費、托管費和銷售服務費是按前壹個交易日基金凈值的壹定比例逐日計提，按月支付。指數授權費是指支付給指數編制公司的知識產權費，這個費用通常由基金公司承擔。