為完善與科技創新相關的知識產權制度，草案在第七條規定“國家制定和實施知識產權戰略，建立和完善知識產權制度，營造尊重知識產權、鼓勵自主創新的社會環境”，還在第二十條、第二十三條、第六十壹條增加了加強知識產權保護、提高知識產權創造、管理、保護和運用能力的規定，以充分發揮知識產權制度在促進科技進步和自主創新中的重要作用。為鼓勵財政科技資金項目和科技計劃承擔者自主創新的積極性，草案特別規定了將財政科技項目創造的知識產權授予承擔者的制度，同時規定國家在特殊情況下可以依法使用該知識產權。