知識產權學院現下設知識產權系、法學系、知識產權教育培訓中心以及綜合辦公室等二級機構，實行人事和行政相對獨立的運行和管理體制。根據發展總體目標，三方***建的知識產權學院為獨立學院，內部設立若幹教育培訓機構、科學研究機構和社會服務機構，以及承擔行政、保障職能的學院辦公室。
知識產權學院的建設、發展緊緊依托學校理工背景和學科優勢，依靠工業與信息化部、國家知識產權局、江蘇省人民政府的支持，在知識產權戰略與管理、知識產權運用與保護、知識產權濫用與規制、知識產權工程師培訓等方面形成自身的特色和優勢。同時，學院開展高層次人才培養，註重科學研究，主動融入學校整體發展目標中，爭取成為學校新興交叉學科發展的生長點。