截至2018年5月，南通市轄3個區（崇川、港閘、通州）、1個縣（如東）、2個開發區（南通經濟技術開發區、南通濱海園區）、1個功能區（蘇通科技產業園），代管4個縣級市（啟東、如臯、海門、海安）。
1、如東縣，隸屬於江蘇省南通市，南與通州區為鄰，位於江蘇省東南部、長江三角洲北翼，西與如臯市接壤，2019年7月，被列為國家知識產權強縣工程示範縣（區）。
2、啟東市，是由江蘇省南通市代管的壹個縣級市，地處萬裏長江入海口北側，是出江入海的重要門戶，也是江蘇日出最早的地方。
3、如臯市，江蘇省縣級市，由南通市代管，是省級歷史文化名城。地處長江三角洲北翼，與蘇州市隔江相望。
4、海門市，江蘇省南通市代管的縣級市，位於江蘇省東南部，東瀕黃海，南倚長江，與上海隔江相望，素有“江海門戶”之稱，被譽為“北上海”。
5、海安，江蘇省縣級市，由南通市代管，由“海水永不揚波”之意而得名，是壹座濱江臨海樞紐城市，“揚子江城市群”中的壹員。地處江蘇省中南部，位於南通、鹽城、泰州三大市交界處。
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