申請人向歐盟知識產權局的申請可以分為網上申請和紙質申請。歐盟知識產權局收到申請後會進行審查，如果商標申請文件有問題，會通知申請人在2個月內補正。逾期未補正的，視為放棄該商標申請；如果歐盟知識產權局審查的商標文件沒有問題，註冊申請將刊登在《歐盟商標公報》上。
在商標公告期內，任何人認為申請註冊的商標損害了他的在先權利，可以在申請公開後3個月內提出異議1，歐盟知識產權局將組織雙方的程序並最終做出決定。如果不服歐洲知識產權局的最終決定，可以按照上述步驟進行上訴。任何人認為申請註冊的商標不符合商標註冊的要求，都可以向歐盟知識產權局提出意見，歐盟知識產權局將通知申請人並予以考慮。
如果在規定時間內沒有提出異議或意見，或者異議或意見不成立，歐盟知識產權局將進行註冊，在歐盟《商標公報》上公布並頒發電子註冊證書，商標註冊即完成。