歐盟知識產權局收到申請後會進行審查，發現問題會通知申請人在2個月內補正。如果未能在規定時間內補正，歐盟知識產權局將全部或部分駁回該申請或權利要求。
不服歐盟知識產權局決定者，可向歐盟知識產權局內部的上訴委員會提出上訴；不服上訴委員會決定者，可向歐盟普通法院上訴，歐盟普通法院的判決也可向歐盟司法法院上訴。
但歐盟知識產權局在審查商標註冊申請時，並不主動審查是否存在在先權利，在先權利人可以通過異議、無效宣告請求等程序維權。