啟東法院現設有立案庭、刑事審判庭、少年審判庭，民事審判壹庭、行政審判庭，民事審判二庭、知識產權審判庭、執行局、審判監督庭、辦公室、研究室、政治處、監察科、鑒定科、行政裝備科、司法警察大隊等16個部門，下轄開發區、濱海園區、呂四、久隆、和合等5個人民法庭。