1.用人單位與勞動者簽訂的保密協議，並未界定“商業秘密”和“保密人員範圍”。如果雙方發生糾紛，用人單位還需要證明員工屬於保密人員，員工侵犯了用人單位的商業秘密。
2.用人單位與勞動者只約定了保密協議，沒有約定競業限制條款。競業禁止條款被保密協議所取代。
3.用人單位與勞動者約定“競業限制條款”，但不向勞動者支付經濟補償，或者約定的工資已經包含競業限制補償。
二、如何防範保密協議陷阱
1.簽訂本協議時，雙方應明確商業秘密:要求員工在保守商業秘密的同時，保守與知識產權相關的保密事項。壹般來說，並不是所有的員工都能接觸到企業的商業秘密，尤其是高層商業秘密。用人單位在確定崗位職責或者制定規章制度時，應當規定涉密崗位，以崗定人。涉密崗位工作人員被列入涉密人員範疇的，必須遵守保守企業商業秘密的義務。
2.用人單位在與勞動者簽訂保密協議時，如有競業限制的需要，應當簽訂競業限制協議，或者至少在保密協議中約定競業限制條款。