我們學校有許多科研機構，下面只說其中三個，上海海事大學科技處，負責學科平臺建設、科技項目管理、科技成果管理、知識產權管理和學術交流等工作，為全校師生提供科技管理服務。
上海海事大學水運經濟科學研究所，是根據交通部指示開始籌備經交通部批準正式成立。下設港口及物流經濟、國際航運、管理現代化等3個研究室和航運信息咨詢部，設有“技術經濟及管理”碩士點。
上海海事大學航海科學研究所，屬商船學院航海領域的科學研究和學科建設基地。現有許多研究人員,有正教授、船長、副教授、電腦和軟件工程師、 其它各類專業人才若幹名，可以保質保量地完成預定的各類科技任務。