1.監管機構不同:公共工程造價的監管機構是國家發改委，中外合資工程造價的監管機構是商務部。公共工程造價是政府投資的公共項目，監管者需要保證項目資金的使用符合財政預算和政策要求，而中外合資項目是由國內企業和國外企業共同投資。監管機構需要確保投資者的利益得到保護，同時需要遵守國際貿易和外匯管理的相關規定。
2.協議內容不同:公共工程造價協議主要涉及工程造價預算、工程變更、支付方式等。其主要目的是保證工程建設的質量和安全，同時需要合理控制工程造價。中外合資項目的造價協議需要涉及國際貿易和外匯管理、知識產權保護、技術轉讓等。協議內容更為復雜細致，需要涉及多個國家和地區的法律和政策。