二是在法規層面，缺乏系統的銜接協調。
三是在政策層面，部分政策存在責權利不清晰，如軍民協同創新知識產權相關政策；部分政策存在不公平、操作性和適用性不強等問題，如軍品免稅、軍工固定資產投資相關政策；部分政策更新滯後，如軍民通用標準、國防科技成果解密相關政策，這些問題直接影響了軍民融合的深度和廣度。
四是我國現行的科技管理體制存在軍民分割、多頭管理的現象，軍民協同創新具體由哪個機構來統籌協調尚無定論。
五是軍、民口科技主管部門之間自謀其政得多，傾向在自己系統內布臵科研任務、分配科研經費，造成大量科研資源浪費。
六是缺乏軍用技術向民用領域轉移的激勵機制和考核監督機制。軍技民用主要是自發行為，尚未成為軍工單位的法定職責，技術轉移的外在約束和內在動力不足，目前仍以內部轉化為主。
七是民用技術向國防轉移的關鍵環節缺乏系統有效的支持。