吳漢東教授主要從事民商法理論、知識產權法等方向的研究。主持完成10多項國家級、省部級課題，主持的科研項目有全國優秀博士論文作者專項資金資助項目“財產權制度比較研究”、全國哲學社會科學研究項目“高科技發展中的法律問題”、國家軟科學研究項目“知識經濟與知識產權法”等。出版《著作權合理使用制度研究》、《西方諸國著作權制度研究》、《中國區域著作權制度比較研究》、《無形財產權制度研究》等學術專著6部，主編司法部統編教材、全國自考統編教材《知識產權法》等2部。在《中國社會科學》、《法學研究》、《中國法學》等學術刊物上發表論文70余篇。其論著、論文獲全國首屆優秀博士論文獎、國家教委高校優秀學術著作獎、司法部優秀科研成果壹等獎、湖北省社會科學優秀成果壹等獎（政府獎）等10余次。
2001年，中國加入WTO。吳教授審時度勢地指出，知識產權戰略是中國實施可持續發展的戰略選擇，是中國實施市場競爭的戰略重點和對外貿易的戰略舉措，是當時最早提出知識產權戰略觀念的學者之壹。現為國家知識產權戰略專家組成員。