考查建設工程民事糾紛概念、內容、特點及其與行政糾紛辨析。A項，施工企業未經許可使用他人專利而產生的糾紛屬於知識產權侵權糾紛，而非合同糾紛，所以A項錯誤；C項，行政機關與施工企業之間除可能因具體行政行為而發生行政糾紛，還可能因履行經濟合同而發生民事糾紛；D項，依據我國《民事訴訟法》第8條：“民事訴訟當事人有平等的訴訟權利”之規定，發包人與承包人在民事訴訟中的權利是平等的。故B選項正確。