我國《勞動法》第二十二條規定，勞動合同當事人可以在勞動合同中約定保守用人單位商業秘密的有關事項，這是訂立勞動領域保密協議的法律依據。《合同法》第五條規定，當事人應當遵循公平原則，確定各方的權利和義務。保密協議和其他協議壹樣，首先要遵循公平平等的原則，才具有法律效力。
說到保密協議，就不得不談就業限制了，這個要公司出錢。
參照原勞動部《關於企業職工流動若幹問題的通知》和國家科委《關於加強科技人員流動中技術秘密管理的意見》，競業限制期限壹般不超過3年。用人單位還必須支付壹定數額的經濟補償金，壹般不少於勞動者離開企業前最後壹年從企業領取的報酬總額的2/3。
然後就是違反保密協議，需要承擔違約金，但前提是協議有效。
違約金的數額壹般不超過員工知悉的公司商業秘密的許可使用價格；員工違反競業限制條款的，違約金壹般不超過1至2倍的賠償金。
不會，不涉及錢，更別說扣妳的錢了。如果申請仲裁，這就是扣工資。