根據上述職責，江蘇省鎮江工商行政管理局設13個內設機構：
（壹）辦公室
負責機關文電、保密、保衛、檔案、統計、信訪、會務等工作；負責機關及全市系統裝備、固定資產的管理工作；指導協調本系統的政務工作和信息化建設；協調和督促機關工作制度的落實；負責新聞宣傳管理和新聞發布工作，指導、協調本系統的新聞宣傳工作；承擔重點工作、重大活動及本系統先進典型的宣傳策劃並組織實施；開展與新聞媒體的交流與合作；承擔本系統政務信息、政務公開工作；承擔本系統重大課題的政策研究和綜合性調研工作；承擔重要文件和綜合性報告的起草工作。
（二）法規科
組織起草有關工商行政管理的地方性法規和規章草案，承擔工商行政管理規範性文件的審核、備案和清理工作；組織開展工商行政執法監督和聽證工作，承擔或參與有關案件核審、聽證、行政復議、行政應訴和賠償工作；組織指導本系統法制宣傳、培訓和普法工作；實施執法責任制，指導本系統行政執法行為監督工作。
（三）登記註冊科
調查研究企業、個體私營經濟發展情況，擬訂企業（含個體工商戶、私營企業、農民專業合作社，不含外商投資企業）登記註冊的具體措施、辦法；組織指導全市系統企業（含個體工商戶、私營企業、農民專業合作社，不含外商投資企業）的登記註冊工作；承擔規定範圍內的企業登記註冊工作；承擔全市企業登記管理信息庫的建立、維護和內資企業登記註冊信息的分析、公開工作。
（四）公平交易監督管理科（直銷監督管理科）
擬訂有關反不正當競爭的具體措施、辦法，督查督辦大案要案和典型案件；擬訂直銷監督管理和禁止傳銷的具體措施、辦法；承擔監督管理直銷企業和直銷員及其直銷活動工作；協調相關方面開展打擊傳銷聯合行動；查處違法直銷和傳銷大案要案；指導本系統公平交易執法和直銷監督管理工作。
（五）市場合同監督管理科
擬訂規範市場秩序的具體措施、辦法；承擔規範維護各類市場經營秩序工作；參與市場培育建設和市場布局規劃；承擔監督管理網絡商品交易及有關服務行為的工作；組織指導商品交易市場信用分類管理工作；組織指導市場專項治理工作；組織對全市經紀人進行監督管理，指導經紀人協會、市場管理協會和汽車交易管理協會工作；擬訂合同行政監督管理的具體措施、辦法；組織實施合同行政監督管理；承擔管理動產抵押物登記、拍賣行為工作；查處合同欺詐等違法行為；制定並推行合同示範文本制度，組織規範合同格式條款工作；指導重合同守信用企業協會工作。
（六）食品流通監督管理科
擬訂流通環節食品安全監督管理和有關市場準入的具體措施、辦法；組織實施流通環節食品安全監督檢查、抽樣檢驗及食品流通有關市場準入管理工作；承擔流通環節食品安全突發事件應對處置和食品安全案件查處工作；組織協調本系統流通環節食品安全監督管理工作。
（七）外商投資企業登記管理科
擬訂外商投資企業登記註冊和監督管理的具體措施、辦法；承擔管轄範圍內的外商投資企業（含外商投資企業分支機構、從事生產經營活動的外國〔地區〕企業）的登記註冊工作，並監督檢查其登記註冊行為；組織查處違反登記管理法律、法規的行為；承擔本局登記註冊的外商投資企業的年檢工作；承擔外商投資企業登記註冊信息的分析、公開工作；指導全市外商投資企業登記註冊和監督管理工作。
（八）個體私營經濟和企業監督管理科
擬訂內資企業、個體工商戶、農民專業合作社監督管理的具體措施、辦法；組織指導本系統內資企業、個體工商戶、農民專業合作社的監督管理工作；組織查處違反登記管理法規的行為；承擔本局登記註冊內資企業的年檢工作，指導全市內資企業年檢和個體工商戶驗照工作；組織指導企業和個體工商戶信用分類管理工作；指導個體勞動者協會、私營企業協會的工作。
（九）商標監督管理科
擬訂商標監督管理的具體措施、辦法；承擔商標使用、商標印制等管理工作，組織查處商標侵權等商標違法案件；加強馳名商標、著名商標、知名商標的保護工作，依法保護特殊標誌、官方標誌；承擔馳名商標、著名商標的推薦和知名商標的認定工作；研究擬訂全市商標發展規劃，組織實施商標知識產權戰略；監督管理商標代理機構，指導商標協會工作。
（十）廣告監督管理科
擬訂廣告業發展規劃、政策措施並組織實施；擬訂廣告監督管理的具體措施、辦法；組織指導監督管理廣告活動，組織實施對兼營廣告業務的事業單位經營資格的審批工作；組織實施廣告出證及備案工作；組織監測各類媒介廣告發布情況；查處虛假廣告等違法行為；指導廣告審查機構和廣告行業組織的工作。
（十壹）消費者權益保護科
擬訂保護消費者權益的具體措施、辦法；承擔流通領域商品質量監督管理工作；開展有關服務領域消費維權工作；查處假冒偽劣等違法行為；承擔和指導消費者咨詢申訴、舉報的受理處理及信息的匯總、分析、管理、使用工作；承擔指導12315行政執法體系和消費維權網絡體系建設工作。
（十二）財務科（審計科）
擬訂本系統和本局財務管理、內部審計的具體措施、辦法，指導監督本系統財務工作；編制、審核和管理本系統事業發展計劃及基本建設計劃；承擔本系統和本局財務經費預算、決算工作；承擔本系統和本局財務經費收支、非稅收入收繳和票據的管理、核算工作；負責本系統財務預（決）算審計、財務收支審計、基本建設審計工作，負責對直屬事業單位和社會團體、直屬工商局領導幹部經濟責任審計工作。
（十三）人事教育科（基層工作科）
承擔市直屬局領導班子和領導幹部管理工作；負責全市系統機構編制、人事管理、幹部管理、勞動工資、隊伍建設等工作；負責本系統基層建設工作；承擔全市系統精神文明建設工作，組織實施本系統評選表彰；組織、指導本系統教育培訓工作；承擔全市系統出國出境人員的申報工作；負責離退休幹部的日常服務、管理、活動安排等工作，協助離退休幹部黨支部做好政治思想工作。
另按有關規定設置紀檢監察機構和機關黨委。 經濟監督檢查支隊
查處市場交易中的不正當競爭、商業賄賂、走私販私及其他經濟違法案件；承擔全市系統大案要案、疑難案件和典型案件的查處工作；與有關部門配合開展行政執法專項整頓工作。