知識產權出版社由編輯部、文獻出版部、專利信息部、北京中獻拓方科技發展有限公司等4個主要實體及社機關職能處室等28個部門組成。
知識產權出版社站在技術發展前沿，大力推進數字出版，以開放、聯合、***贏為原則，致力與中外知名出版機構、信息服務機構和企業開展廣泛合作，著力打造基礎牢固、特色鮮明、中國壹流、世界知名的文化產業實體。 社機關 行政事業部：承擔辦文、辦會工作；物業、車輛、食堂、安全保衛等後勤保障工作；宣傳工作；固定資產、紙張等采購與管理工作；基建及全社房地產的管理工作；以及其他綜合協調工作。行政事業部與黨委辦公室合署辦公。
財務部：承擔財務預算、統計及社屬公司財務管理工作。
人力資源部：承擔人事勞資、人員培訓、聘用勞動合同和社會保障管理與服務工作，監督社屬公司人力資源工作。
規劃發展部：負責擬訂本社中長期發展規劃，參與制訂、實施年度計劃，監督年度計劃執行情況；負責涉及我社長遠發展和基礎性重大項目的調研、立項和項目管理等工作。
大興事業部：大興事業部位於北京大興區黃村鎮前辛莊村，南五環以外南六環以裏，西臨永定河綠色觀光帶，交通便利，占地約184畝，是知識產權出版社所屬全資企業。大興事業部依據知識產權出版社發展規劃，正處於開發建設之中。目前，大興事業部主要承擔建設項目協調、環境整治美化、生態種植養殖、駐地安全管理等業務。大興事業部服務局社，強化保障，面向市場，積極開拓，努力建成地域廣、環境美，物質和精神財富積累、經濟和社會效益豐收的知識產權出版社所屬大型企業。 文獻出版部 文獻出版處：承擔專利公報、說明書、專利證書的編輯出版及辦登後專利文獻數據庫維護管理工作。
文獻掃描處：承擔專利申請文件的掃描及文檔數據庫維護管理工作。
文獻代碼化處：承擔專利文獻代碼化工作。
電子制印中心：承擔專利公報、說明說、專利證書、有關表格及圖書和年報等制印工作。 編輯部 編輯部設有總編室、知識產權編輯室、法律編輯室、綜合編輯室（創新文化、經濟管理、公***管理、人類學民族學、藝術學）、《中國發明與專利》編輯部、創新與科技編輯室（創新、建築）、圖書出版處、圖書發行處、北京城市節奏科技發展有限公司。
編輯部每年出版近400種圖書及《中國發明與專利》期刊。在知識產權、法律、建築、創新方面的圖書已經形成規模和特色。
專利信息部
專利信息部是知識產權出版社對外專利信息服務和產品銷售的具體實施部門，下設技術處、信息服務處、研發中心、數據管理處、網絡管理處、數據加工處。
多年來，專利信息部在專利信息的采集加工、產品開發、綜合服務等方面進行了大量的研究和投入，逐步形成了專利數據的初加工和深加工、專利信息產品、專利技術開發、專利信息分析和戰略咨詢、網站建設和維護、應用培訓等綜合性服務格局，並仍在不斷地探索和完善專利信息服務內容和模式，全面滿足社會各界在知識產權領域內的各種需求。
技術開發中心：承擔與專利文獻、信息服務有關的信息化項目開發、集成、技術支持和維護保障工作。
信息服務中心：承擔專利信息產品的營銷、咨詢服務、應用培訓工作。
研發中心：承擔項目管理、機器翻譯系統的研發工作。
數據管理中心：承擔社數據資源的收集與存儲管理及專利文獻電子出版工作。
網絡管理中心：承擔國家知識產權局政府網站的建設與內容維護、專利文獻及知識產權圖書的網絡出版工作。
數據加工中心：承擔有關專利領域及非專利文獻數據深加工及中外專利數據的初加工工作。