首先，知識產權侵權懲罰性賠償的功能中不包含補償功能。懲罰性賠償與補償性賠償是兩個具有獨立性的不同請求權基礎。補償性損害賠償民事責任以損害的完全填補為原則，以賠償權利人的實際損失為目的功能，遵循的是同質補償和填平原則。補償性損害賠償的出發點是對受害人的利益進行維護和救濟，旨在填補受害人的損害，而懲罰性賠償則以對加害人的不法行為進行制裁為追求，過錯責任原則是現代侵權責任確定的價值判斷標準和歸責原則，不能以補償性賠償追求對加害人主觀過錯的考察，即得出補償性賠償具有懲罰功能的結論。作為兩項獨立的請求權，被害人享有分別主張補償性賠償與懲罰性賠償的權利，雖然補償性賠償制度下的損失額確定決定著懲罰性賠償金額的基數，但不應將補償功能混雜進懲罰性賠償制度功能當中。
其次，知識產權侵權懲罰性賠償和核心功能為懲罰功能。懲罰功能，是知識產權侵權懲罰性賠償制度最核心的功能，旨在基於侵權行為人行為之可責性而給予其制裁。在嚴重故意侵犯知識產權案件中，侵害人通常是在細致權衡侵權行為的成本與收益後，認為不法行為的獲益將超過支付補償性賠償時，有意識地追逐不法侵權行為的發生。懲罰性賠償通過設定加倍賠償規則，使得侵權人的賠償數額超過其預期的成本及收益，從而對侵權人苛以嚴懲，以達到實現懲罰功能。
再次，知識產權侵權懲罰性賠償的另壹重要功能為威懾功能，目的在於威懾加害人及潛在侵害人實施相同或相類似的不法行為。懲罰性賠償的威懾功能將補償性賠償無法實現的社會成本內化為行為人的侵權成本，從而消除逃避責任的投機心態，進而實現最佳威懾。因此使侵權人受到刻骨銘心的制裁和威懾效果才是知識產權侵權懲罰性賠償的功能價值，對嚴重故意侵害知識產權行為的高額賠償懲戒，會對侵權行為人及社會中潛在的同類不法行為人產生威懾力，有助於事前防範，遏制類似不法行為的發生。因此，懲罰性賠償與補償性賠償，兩者的制度設計功能目的完全不同，懲罰性賠償制度主要服務於懲罰違法行為，威懾其不再發生的雙重目的。明確知識產權侵權懲罰性賠償的制度功能，對指導司法實踐中的具體操作意義重大。