在司法實踐中，侵犯植物新品種權的糾紛主要有三種形式。首先是未經品種權人許可，以商業目的生產或者銷售授權品種的繁殖材料，或者將授權品種的繁殖材料重新用於生產另壹品種的繁殖材料的行為，這是對植物新品種知識產權的公開的、實質性的侵犯。
二是銷售授權品種而不使用其註冊名稱的行為，或者其他足以使他人知道其為授權品種的行為，是對植物新品種知識產權的隱性和實質性侵犯。
三是《植物新品種保護條例實施細則》農業部分第74條和林業部分第64條所指的假冒授權品種侵權。根據《種子法》第五十九條的規定，生產、經營偽劣種子的行為，應當由縣級以上人民政府農業、林業行政主管部門依據各自的職權予以處罰，不屬於《最高人民法院關於審理植物新品種糾紛案件若幹問題的解釋》第壹條第九項規定的人民法院直接受理案件的範圍。